《苍之彼方的四重奏》故事讲述人们发现了一种不可思议的反重力粒子,人们用这种粒子发明各种反重力装置。 包括反重力鞋令人们生活非常方便,就像骑自行车般简单可以随心所欲在天空飞行,一种名为Flying Circus(飞行马戏)的运动亦随之而诞生。
本作主角是一位在小时候相当被看好的Flying Circus选手,因其中一次比赛中遭受到压倒性的败北而受挫,主角在上学途中遇到转校生仓科明日香,因缘际会下再次使用反重力鞋而重新燃起对FC的热情,因而展开一段青春的恋爱物语。